自分は検証勢ではありませんが、こんなことがあったという報告。
6-1マンスリー、大鯨ルート、提督Lv120。
大鯨3スロ目に載せていた紫雲Lv0を、零式水上観測機Lv7に変えたところ、ボス前の索敵分岐で西にそれました。紫雲Lv0で過去10ヶ月30回以上ボスへ行きましたが、今回初めてルートを外れました。


このことから、紫雲Lv0で100%ボス固定できていたと仮定すると、ルート索敵値においては、【水上観測機Lv7 < 紫雲Lv0】であることが考えられます。
さらに、水上観測機は索敵+6、紫雲は索敵+8ですから、この場合の熟練度Lv7は「索敵+2」未満の効果しかない可能性が高いです。

そもそも運営電文では、索敵分岐には触れておらず、もしかすると熟練度はルート索敵値に影響しない可能性もあります。
11▼「艦載機熟練度」の効果 「艦載機熟練度」の高い艦載機隊は、戦闘や偵察において、通常の部隊より高い戦闘力や偵察(触接率)を発揮するようになります。練度の高い部隊をここぞという戦局で集中運用することで、より大きな戦果を期待することが可能になります。 #艦これ
— 「艦これ」開発/運営 (@KanColle_STAFF) 2015, 8月 10というわけで、索敵ルート固定が求められるマップでは、熟練度に関わらず、艦載機熟練度実装前の索敵値で出撃した方が無難だと思います。
以上、参考までに。
※追記※
私の拝見した検証結果によると、艦載機熟練度は2-5索敵分岐において「影響は無いかごくごく小さい」とのことです。(2015/11/7時点)こちらの検証を引用させて頂きました。
※一応※
・未帰還の可能性を考慮し、再度1-1へ出撃したりしましたが、特に熟練度は下がっていませんでした。
・水上観測機Lv7でボスに行くこともあれば、外れることもあります。
・潜水艦は全て改で魚雷2。Lvは呂500:84、伊19:99、伊401:99、伊8:115、伊58:114。潜水艦5の素の索敵は、30+39+45+42+42=198
・既出だったらすいません。確認したところ→Wiki(艦載機熟練度)、某所の艦載機熟練度システムスレ、検証仮説スレ